Ninja Gaiden III promete levar a franquia adorada pelos fãs a um novo rumo. Agora é possível enxergar o mundo pelos olhos de Hayabusa, e entender de uma nova forma o que o leva a lutar e a matar. Com a trama girando em torno de um misterioso homem mascarado, Hayabusa viverá um conflito em que a linhas entre herói e vilão, bem e mal serão marcadas para sempre.